《妙手神医》是一部80集的医疗题材短剧。故事围绕天才医生林深展开，他因一场医疗事故遭同行陷害，被迫离开三甲医院。隐居小城后，他凭借精湛医术和祖传针法，接连治愈癌症晚期患者、罕见病儿童等疑难杂症，逐渐赢得"妙手神医"称号。期间，他既要应对医药集团的商业打压，又要破解师父留下的神秘医书谜题。随着名声鹊起，当年医疗事故的真相浮出水面，林深最终以医术和智慧洗清冤屈，重建中医传承体系，同时收获真挚爱情。